On n'est cependant pas tout à fait d'accord sur l'efficacité des mécanismes de garantie des prêts, car on leur reproche plusieurs insuffisances, telles que l'aléa moral, les problèmes dus aux sélectionsadverses et les coûts de gestion élevés.
على أنه لا يوجد اتفاق كامل بشأن فعالية برامج ضمان القروض، وقد وُجه لها نقد بسبب عدد من أوجه القصور مثل المخاطر المعنوية، ومشاكل الانتقاء غير المواتية، والتكاليف الإدارية المرتفعة.